Am 20. Februar 1909 gründeten Schüler der beiden Oberschulen den Flensburger-Modell-Segel Club FMSC, der völlig unabhängig vom FSC bestand. Das Revier für die Wettfahrten mit Modellyachten waren die Bucht von Sandacker und die Munkmühlenbucht bei Randershof.
1921 erfolgte die Aufnahme in den FSC unter der Bezeichnung "Jugend Abteilung: Flensburger Modell-Segel-Club".
Seit 1954 ist die Jugendabteilung selbständig mit einer eigenen Satzung.
Rund 150 Jugendliche bilden heute die Jugendabteilung, die von einem hauptamtlichen Trainer und einem Zivildienstleistenden in der Ausbildung unterstützt werden.
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